Sodan jälkeen järjestö lakkautettiin rauhansopimuksen ”fasistipykälän” vuoksi. Valvontakomissio katsoi, että järjestöllä oli ”liian läheiset suhteet suojeluskuntiin”. Ongelmallista oli myös järjestön kuuluminen osaltaan puolustusvoimiin, joiden koolle asetettiin rajoituksia. Lottien työ jatkui kuitenkin kotiuttamisen, jälleenrakennuksen ja invalidihuollon myötä, vaikka järjestön ulkoiset tunnukset oli riisuttava. Kukaan nainen, joka on ollut lotta, ei voi myöskään unohtaa olleensa lotta.
Ennen lakkauttamistaan järjestö ehti lahjoittaa varojaan mm. lukuisille valtakunnallisille ja paikallisille hyväntekeväisyystahoille, kuten Suomen Punaiselle Ristille, ja varojaan se siirsi vastaperustetulle Suomen Naisten Huoltosäätiölle.
Vuonna 2004 säätiö muutti nimensä Lotta Svärd Säätiöksi.
Jatkosodan päättyessä 19. syyskuuta 1944 oli palveluksessa menettänyt henkensä 288 lottaa: sotavammoihin kuolleita oli 113, tauteihin kuolleita 140 ja tapaturmaisesti kuoli 34 naista. Lotta Svärd oli maailman suurin vapaaehtoinen naisten maanpuolustujörjestö, ja se toimi esikuvana monille muille naisten maanpuolustusorganisaatioille. Ruotsissa toimi Lottorna, Norjassa Norhges Lotteforbund ja Virossa Naiskodukaitse, joka kiellettiin kun Neuvostoliitto 1940 miehitti Viron.
